所谓“炼金术”，即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模仿蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出，一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎，被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”，与回收散落于世间的Chemy的使命。

　　

　　寻找101体〈Chemi〉！　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！　　101张卡片进行形态变换！？　　高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

突然，受到从时空门出现的敌人袭击的宝太郎及其同伴们。被迫陷入苦战之中，察觉到敌人从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前往荒废的未来。在那里的是昔日从困境中拯救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。

　　一之濑宝太郎等人继续搜寻凯米，浮世英寿等人则再次面对出现的邪魔徒。突然，在他们面前出现了等级10的最强凯米——巫师X。由于他拥有不可思议的魔法之力，樱井景和等人变成了凯米的样子！更有同时出现5个等级10的最强凯米，以及和极狐一模一样的极狐凯米！对接二连三的异常事态感到困惑的宝太郎和英寿等人，还有化成凯米的景和等人，他们将各自组成队伍挑战【最强凯米捕获游戏】！